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Speedel beschleunigt
Präklinik SAS® macht Informationen schneller verfügbar Die vorklinische Pharmaforschung setzt ein breites Spektrum an Daten verarbeitenden Systemen ein, die sich ihrerseits aus einer Vielzahl an Quellen speisen. Der Import von Versuchsdaten ist dabei von ebenso zentraler Bedeutung wie die bedarfsgerechte Aufbereitung der Ergebnisse für Zielgruppen vom Laborpersonal bis zum Vorstand. Mit Lösungen von SAS ist es dem schweizerischen Biopharma-Unternehmen Speedel Experimenta gelungen, die Verarbeitung seiner Forschungsdaten von Tagen auf Minuten zu beschleunigen, den Zeitaufwand zur Prüfung von Studien von zwei bis drei Wochen auf wenige Tage zu verkürzen und das Ergebnisreporting zu vereinfachen.
Auf fortgeschrittene Forschungsstadien spezialisiert, beschäftigt das Unternehmen etwa 80 Wissenschaftler und Techniker, die sich unter anderem auf die Abteilungen medizinische Chemie, Biochemie/Biologie, Galenik und Pharmakologie verteilen. Darüber hinaus nimmt Speedel je nach Bedarf externe Labors in Anspruch. Alle diese Mit- und Zuarbeiter liefern Daten: Die Kollegen aus der medizinischen Chemie etwa steuern Molekülstrukturen bei, die Biochemiker übermitteln Daten zur Löslichkeit eines Stoffes. Weitere Informationsquellen sind Laborgeräte wie der Chromatograf, Chemikaliendatenbanken im ISISFormat sowie Oracle-, ASCII- und Excel- Dateien. Auch SAS-Datensätze, mehrere tausend Zeilen lange Flatfiles externer Dienstleister und Berichte auf Papier tragen zum hohen Datenaufkommen bei. Die Bewältigung dieser Fülle an Quellen und Formaten gehört somit zu den zentralen Aufgaben des Fachpersonals. „Die betreffenden Arbeitsschritte wiederholen sich“, erläutert Dr. Achim Wach, Leiter der Abteilung Biochemie. „Ausserdem müssen wir bei tendenziell zunehmender Datenmenge jederzeit in der Lage sein, auf jedes beliebige Segment daraus zuzugreifen, um beispielsweise ein Entwicklungsprojekt voranzutreiben oder einen Versuchsaufbau zu variieren.“
Die Resultate werden wahlweise grafisch oder tabellarisch dargestellt, neue Zwischenergebnisse in Kurzberichten präsentiert. Wichtiger noch: Für die Aufsichtsbehörden in Europa und den USA können die jeweils vorgeschriebenen Berichte generiert werden. Die Aufbereitung umfangreicher, von externen Labordiensten übermittelter ASCII-Flatfiles zur Sichtung und Analyse durch die Forscher hat sich von zwei bis drei Tagen auf zwanzig Minuten verkürzt. Zudem sank der Zeitaufwand zur Prüfung von Studien von zwei bis drei Wochen auf wenige Tage. Auch die Qualitätskontrolle liess sich durch die zeitnahen Resultate und die zügige Prüfung verbessern. Dazu Jensen: „Wir haben alle Projektziele erreicht, das heisst, den Umgang mit heterogenen Datenformaten vereinfacht, den Datenschutz gewährleistet, redundante Arbeitsschritte eingespart, Ergebnisse übersichtlicher präsentiert und die Prüfung von Studien beschleunigt.“ Speedel sei nun imstande, den Informationsbedarf der Mitarbeiter und Investoren zu decken. So können die Forscher Daten zu Vergleichszwecken grafisch darstellen und mit modernsten Methoden analysieren. Projektteams informieren sich über chemische Verbindungen, während der Vorstand den Gesamtüberblick über die laufenden Projekte behält. „Wenn man mit mehreren hundert Molekülkomplexen experimentiert und deren Gemeinsamkeiten beziehungsweise Unterschiede herausarbeiten möchte, bedeutet eine zentrale Informationsquelle eine enorme Erleichterung“, betont Jensen. „Dadurch sieht man gleich, ob man sich in die richtige Richtung bewegt. Unsere Mitarbeiter wollen sich schliesslich nicht mit dem Sammeln und Sortieren von Daten aufhalten, sondern diese analysieren und anhand der Ergebnisse Entscheidungen treffen.“ Kishor Lad, Datenadministrator in der Pharmakologie, fügt hinzu: „SAS bereitet Daten so auf, dass selbst IT-Anfänger mühelos damit zurecht kommen. Dadurch entfällt die zeitraubende Recherche in herstellerspezifischen Datenbanken. Die Datenextraktion erklärt sich von selbst und ist denkbar einfach. Man braucht kein Datenbankexperte zu sein.“ Und Wach ergänzt: „Obwohl uns ständig neue Daten vorliegen, können wir unsere Forscher zeitnah und online mit aktuellen Ergebnissen versorgen. Statt bis zum Abschluss einer Studie zu warten und nur das Endresultat zu verwerten, können die Kollegen spätestens eine halbe Stunde nach Zugang eines Zwischenergebnisses darauf zugreifen.“ Dies erleichtert die Qualitätskontrolle und ermöglicht es Speedel, sich abzeichnende Probleme mit Versuchsreihen oder Laborgeräten vorausschauend zu beheben – und die Forschung auf besonders vielversprechende Stoffverbindungen zu fokussieren.
Preclinical research involves a wide range of systems, with myriad data sources feeding into the process. Integrating data from experiments is a key challenge, closely followed by delivering results in a way that meets the needs of different stakeholders, from laboratory scientists to senior business managers. With SAS, Speedel reduced fi le processing time from days to minutes, trimmed study review times from two or three weeks to a few days, and streamlined its reporting. “Our business is about bringing new medicines to people, and SAS helps us optimize that process,” says Dr. J. Chris Jensen, Director of Pharmacology at Speedel Experimenta Ltd. This Swissbased biopharmaceutical company focuses on treatments for cardiovascular and metabolic disease, while a key aspect of its operations is partner- ships with leading pharma companies, including Novartis and Roche. Speedel develops novel therapies through smart drug development from lead identifi ca- tion to the end of Phase II for major indications and through Phase III for specialist indications. Today, Speedel has a range of drugs in development, including potential “blockbusters.” Speedel Experimenta is a late-stage research unit with about 45 scientists and technicians in teams such as medicinal chemistry, biochemistry, biology and pharmacology. The company also uses external contract research facilities. Speedel receives data from all these sources, for example, chemical structures from the medicinal chemistry team and solubility data from the biochemistry team. In addition, laboratory instruments such as chromatographs are used and proprietary ISIS chemicals databases, Oracle, ASCII and Excel fi les. SAS data sets, as well as thousands of fl at fi le lines from contractors and hard-copy reports, are also amassed. The key issue is the complexity of the different data types and formats.
“This is an iterative process, and while data volumes were increasing we still needed access to any point in our data, to move development forward or for a scientist to make changes to an experiment,” says Dr. Achim Wach, Director of Biochemistry. To make sense of its data, Speedel uses SAS technology to integrate and store data for analysis and results presentation. Dr. Wach says, “With just a couple of days’ training, most people were able to start querying the data they needed.” Bench scientists and managers can now view and extract valuable insights. Speedel works with SAS® BI Server to deliver even more value in preclinical research, with the ability to incorporate more data sources into a streamlined process. Results are presented as graphics or tables, short reports provide updates, and crucially, regulatory reports can be collated for authorities in Europe and the United States. The time to process large fl at ASCII fi les from external contactors, for display and analysis by the scientists, has been reduced from two or three days to about 20 minutes. Study review times have fallen from two or three weeks to a few days, with real-time results and timely review improving quality control. “We achieved our goals of managing multiple data formats, ensuring high security, reducing duplication of effort, presenting study data in better ways and shortening review times,” says Dr. Jensen. Speedel can now meet the needs of multiple stakeholders. For example, scientists can make visual comparisons quickly and have access to advanced analytical techniques, project teams can get an overview of compounds, and senior managers can view all projects at a high level.
Kishor Lad, Data Manager in Pharmacology, adds, “SAS is bringing data to the novice – people can get their hands on the data so easily. They don’t need to dig around in a specific Oracle database or wherever. Extraction of data is intuitive and very easy; you don’t need to be a database expert.” “With lots of data coming in on an ongoing basis, we can provide results to scientists online and in real time,” says Dr. Wach. “Within half an hour of the data arriving, they can see the results of a study up to that point, rather than having to wait until a study is complete to review all the data.” This helps in quality control, enabling Speedel to identify and resolve any issues that arise in experiments or with particular laboratory equipment – while continuing to focus on compounds that show high potential. |
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