Analisi genetica, genomica e trascrittomica con JMP Genomics

Introduzione alle strategie ed alle tecniche di analisi dei dati sperimentali 'high throughput'
di genetica, genomica e trascrittomica utilizzando il software JMP Genomics di SAS

L’iniziativa intende fornire una panoramica sintetica ma rigorosa dei principali metodi di analisi statistica, genetica e bioinformatica applicati alla trascrittomica ed alla genomica. Si tratta di un corso di formazione scientifica, tenuto da ricercatori dell'Istituto di Tecnologie Biomediche del CNR e dell'Università degli Studi di Milano, direttamente coinvolti 'sul campo' con queste tematiche di ricerca; dal punto di vista didattico le analisi saranno condotte utilizzando JMP Genomics che offre un’ampia serie di strumenti di analisi in continuo sviluppo. Il corso fornisce un'introduzione teorica agli argomenti scientifici, seguita da esercitazioni guidate su PC.

La durata del corso è di 20 ore distribuite in 3 giorni.

Il corso si rivolge a:

• ricercatori biomedici e biomolecolari, junior e senior, che intendano analizzare dati derivanti
  da esperimenti di tecnologie 'ad alto parallelismo' di trascrittomica e genomica;
  
  
• bioinformatici, biologi computazionali, analisti di dati di laboratorio di ricerca;
  
  
• capigruppo e coordinatori scientifici.
  

Prerequisito per la partecipazione é una buona conoscenza degli argomenti scientifici oggetto del corso.

Gli argomenti trattati nel corso saranno:

• Utilizzo pratico dell'interfaccia di JMP; principi di statistica univariata e bivariata; inferenza statistica e test; analisi grafica dei dati con JMP; scripting con JSL.
  
  
• Analisi genetica quantitativa: studi di associazione con SNP; analisi di linkage; Quantitative Trait Analysis; analisi di aplotipi; stratificazione della popolazione. Applicazioni analitiche con JMP Genomics.
  
  
• Analisi dati di espressione genica (one color): introduzione al disegno sperimentale, controllo di qualità e normalizzazione dei dati. Gene profiling, classificazione. Strategie di clustering. Pattern discovery. Annotazione funzionale. Workflow dell'analisi con JMP Genomics.
  
  
• Analisi del genoma: variazione del numero di copie. Binning e conversione dei dati. Standardizzazione. Correlazione delle variazioni con feature di annotazione genomica. Workflow dell'analisi con JMP Genomics.
  
  
• Analisi di exon arrays: principi di base, metodi analitici e correlazione con l'annotazione genomica. Workflow dell' analisi con JMP Genomics.