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Introduzione
alle strategie ed alle tecniche di analisi dei dati sperimentali
'high throughput'
di genetica, genomica e trascrittomica utilizzando il software JMP Genomics di
SAS |
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Centro Formazione
SAS di Milano /
8 - 10 ottobre |
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| Corso di formazione
organizzato da ITB-CNR,
in collaborazione con SAS e bioSKILLS |
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L’iniziativa intende fornire una
panoramica sintetica ma rigorosa dei principali metodi di
analisi statistica, genetica e bioinformatica applicati alla
trascrittomica ed alla genomica. Si tratta di un corso di
formazione scientifica, tenuto da ricercatori dell'Istituto
di Tecnologie Biomediche del CNR e dell'Università degli
Studi di Milano, direttamente coinvolti 'sul campo' con queste
tematiche di ricerca; dal punto di vista didattico le analisi
saranno condotte utilizzando JMP Genomics che offre un’ampia
serie di strumenti di analisi in continuo sviluppo. Il corso
fornisce un'introduzione teorica agli argomenti scientifici,
seguita da esercitazioni guidate su PC.
La durata del corso è di
20 ore distribuite in 3 giorni.
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Il corso si rivolge a:
- ricercatori biomedici e biomolecolari, junior e senior, che
intendano analizzare dati derivanti
da esperimenti di tecnologie
'ad alto parallelismo' di trascrittomica e genomica;
- bioinformatici,
biologi computazionali, analisti di dati di laboratorio di
ricerca;
- capigruppo e coordinatori scientifici.
Prerequisito per la partecipazione é una
buona conoscenza degli argomenti scientifici oggetto del corso. Gli
argomenti trattati nel corso saranno:
- Utilizzo
pratico dell'interfaccia di JMP; principi di statistica univariata
e bivariata; inferenza statistica e test;
analisi grafica dei dati con JMP; scripting con JSL.
- Analisi genetica quantitativa: studi di associazione con SNP;
analisi di linkage; Quantitative Trait Analysis; analisi di aplotipi;
stratificazione della popolazione. Applicazioni analitiche con
JMP Genomics.
- Analisi dati di espressione genica (one color): introduzione
al disegno sperimentale, controllo di qualità e normalizzazione
dei dati. Gene profiling, classificazione. Strategie di clustering.
Pattern discovery. Annotazione funzionale. Workflow dell'analisi
con JMP Genomics.
- Analisi del genoma: variazione
del numero di copie. Binning e conversione dei dati. Standardizzazione.
Correlazione delle variazioni
con feature di annotazione genomica. Workflow dell'analisi con JMP
Genomics.
- Analisi di exon arrays: principi di base, metodi analitici
e correlazione con l'annotazione genomica. Workflow dell' analisi
con JMP
Genomics.
Docenti del corso saranno un gruppo di ricercatori direttamente
coinvolti nell'analisi bioinformatica dei dati derivanti da tecnologie
ad alto parallelismo.
• Software e principi di analisi statistica: Alessandro
Guffanti (organizzatore), Fabio
Fuligni: Laboratorio di Sequenziamento Massivo,
ITB-CNR, Milano.
• Microarray: Roberta Spinelli, Michela
Mattioli, Luca Beltrame,
Eleonora Mangano, Patrizia Pinciroli
Laboratorio
di Microarray, ITB-CNR ed Università degli Studi di Milano.
• Analisi genetica quantitativa: Alessandro Orro, Erika
Salvi:
Laboratorio di Bioinformatica, ITB-CNR,Milano ed Università degli
Studi di Milano.
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Informazioni
generali
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Data
e sede del corso:
8 -10 ottobre 2008 (inizio il primo giorno alle ore 11.00;
conclusione l'ultimo giorno alle ore 17.00)
e
si svolgerà presso il Centro
Formazione SAS di Milano, via C. Darwin
20/22.
Quota di partecipazione:
• Aziende, enti, istituzioni pubbliche: Euro
500,00 + IVA (20%) per partecipante.
• Aziende
private: Euro 1.000,00 + IVA (20%) per
partecipante.
Per iscrizioni multiple da parte di una stessa
Azienda sarà praticato uno sconto del 20% per il secondo
partecipante ed i successivi. La quota comprende il materiale
didattico ed i coffee-break. In caso di cancellazione del
corso la responsabilità di SAS è limitata al
rimborso delle quote di iscrizione pervenute. In caso di
rinuncia scritta con preavviso inferiore ai 5 giorni verrà addebitato
il 100% della quota di partecipazione.
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ISCRIZIONI
Prenotazione
telefonica (esclusivamente attraverso
il Servizio
Formazione SAS,
al numero 02 831341) alla
quale dovrà seguire via fax
(02
83134225) la seguente scheda di iscrizione.
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 PDF,
50 Kb |
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Ciascuna
edizione prevede un numero limitato di partecipanti
e
le iscrizioni saranno accettate nell’ordine
cronologico di arrivo. |
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| contattateci |
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